Da terminale, basta semplicemente digitare questo comando:

set global storage_engine=MYISAM;

Non è necessario riavviare il servizio di MySQL.

Se poi volete modificare anche la struttura delle tabelle da InnoDB a MyISAM, potete fare in due modi.
Da riga comando, la query SQL da digitare è:

ALTER TABLE `nome_tabella` ENGINE = MYISAM

In alternativa, se avete PhpMyAdmin, potete andare sulla tabella, operazioni e cambiare da lì l’engine.