Salvare in un file .cmd il seguente script di esempio (mov to wmv):
(con questi parametri avrai un .wmv compatibile con Windows Movie Maker per Windows XP)

for %%a in ("*.mov") do ffmpeg -i %%a -b 8500k -vcodec wmv1 -acodec wmav1 %%~na.wmv

for %%a in ("*.mp4") do ffmpeg -i %%a -b 8500k -vcodec wmv1 -acodec pcm_s32le %%~na.wmv

Oppure (wmv to avi)

for %%a in ("*.wmv") do ffmpeg -i %%a -b 8500k -vcodec libx264 -acodec libfaac %%~na.avi